As amígdalas, conjuntos de órgãos linfóides orientados para o trato digestivo, são a primeira defesa do sistema imunitário contra agentes patogénicos estranhos e ajudam a prevenir infecções respiratórias e gastrointestinais. As amígdalas incluem a amígdala adenoide, duas amígdalas tubárias, duas amígdalas palatinas e as amígdalas linguais. As amígdalas têm na sua superfície células especializadas na captura de antigénios, chamadas células M, que ajudam a absorver os antigénios produzidos pelos agentes patogénicos. Estas células M alertam então as células B e T subjacentes na amígdala para a presença de um agente patogénico e é estimulada uma resposta imunitária. As células endoteliais, as células epiteliais e os fibroblastos são componentes essenciais necessários para o funcionamento normal do sistema amigdalino. As alterações na proliferação e regulação celular no sistema amigdalino levam ao desenvolvimento de amigdalite e hiperplasia adenotonsilar.