SNPXplex®: Verificación independiente de la identidad de muestras para NGS
Verificación de la identidad de muestras
SNPXplex® — Verificación independiente de la identidad de muestras para NGS
SNPXplex® es un kit de verificación de identidad destinado a laboratorios que realizan secuenciación del exoma completo (WES), secuenciación del genoma completo (WGS) y paneles de enfermedades hereditarias. Genera un perfil genético de forma independiente del análisis NGS primario, lo que permite a los laboratorios comparar genotipos e investigar posibles confusiones de muestras.
El ensayo combina el genotipado simultáneo de 15 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) mediante PCR multiplex fluorescente alelo-específica con la determinación del sexo. Desarrollado a partir de una tecnología patentada por la Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP) y producido por BioXtal, SNPXplex® se utiliza desde 2017. La información actual del distribuidor indica que más de 100.000 resultados de secuenciación NGS se han asegurado mediante este enfoque.
Genotipado independiente de 15 SNP
Un único reactivo listo para usar amplifica 15 marcadores SNP mediante PCR multiplex fluorescente alelo-específica, junto con un marcador de determinación del sexo. El análisis capilar proporciona un perfil para comparar con los genotipos NGS correspondientes.
Se trata de un control de identidad de la muestra; no sustituye el análisis de las variantes asociadas a enfermedades.
WES, WGS y paneles dirigidos
SNPXplex® puede utilizarse junto con la secuenciación del exoma, la secuenciación del genoma completo y los paneles dirigidos, incluidos los flujos de trabajo basados en captura y en amplicones.
En las pruebas de enfermedades hereditarias, los laboratorios pueden utilizar el perfil independiente para verificar la concordancia con los datos de secuenciación, siempre que los loci SNP pertinentes estén cubiertos y sean susceptibles de ser llamados en el ensayo NGS.
Flujo de trabajo e instrumentación
Combine el ADN del paciente con SNPXplex®, realice la PCR multiplex y, a continuación, analice los productos en un secuenciador capilar con detección 6-FAM™. Se requiere un termociclador.
El folleto del proveedor indica 2 h 45 min para la PCR y menos de 1 h para la separación capilar, seguidas del análisis bioinformático.
Comparación de genotipos
Compare los genotipos de SNPXplex® y NGS para cada paciente y examine la serie de muestras en busca de perfiles compartidos.
El proveedor informa de una probabilidad de que dos pacientes compartan un perfil dentro de una serie de 96 muestras de <5 % para todos los orígenes combinados y de <0,2 % para pacientes de origen europeo. Se trata de probabilidades de perfiles compartidos, no de tasas de error del ensayo.
Compatibilidad de muestras y almacenamiento
El folleto del proveedor informa de una validación con cultivo celular, sangre, plasma y tejido FFPE. Conserve el reactivo a −20 °C; puede mantenerse a temperatura ambiente hasta 8 días, protegido de la luz.
Formatos de kit disponibles
Evalúe SNPXplex® para su flujo de trabajo de secuenciación
Nuestro equipo técnico puede ayudarle con la selección del kit y el acceso a la documentación técnica. Consulte las instrucciones de uso aplicables relativas a la cantidad de ADN de entrada, la configuración de los instrumentos y el manejo de los reactivos.