NKX3.1 es una proteína homeodominio supresora tumoral específica de la próstata codificada por el gen homeobox NKX3.1 en el cromosoma 8p21. Esta proteína es haploinsuficiente y se regula a la baja con frecuencia durante las primeras fases de la carcinogénesis en lesiones premalignas y neoplasia intraepitelial prostática. La pérdida de heterocigosidad está presente en el 60-80% de los tumores de próstata.

NKX3.1 se expresa en el epitelio prostático normal, localizándose predominantemente en el núcleo. El adenocarcinoma prostático primario y metastásico presenta una menor intensidad de tinción en comparación con la próstata normal. Se ha establecido como un marcador tisular altamente sensible y específico del adenocarcinoma prostático.

En un entorno de diagnóstico diferencial, NKX3.1 es útil para diferenciar el carcinoma prostático del urotelial, con una sensibilidad que oscila entre el 92-94%, junto con una especificidad del 100%. Un estudio reciente también demostró la utilidad de NKX3.1 en la identificación del adenocarcinoma metastásico de próstata (sensibilidad del 98%, especificidad del 99%). Combinado en un panel con PSA y PSAP, todos los adenocarcinomas metastásicos de próstata fueron positivos para al menos un marcador.