El verde de metilo tiñe el ADN, pero no es un colorante específico del ADN. Utilizado solo en células enteras, tiñe casi todo y en particular la pared pectocelulósica. Para aumentar su especificidad aparente, debe utilizarse con un colorante complementario.

En el núcleo, la cromatina se tiñe con verde de metilo, mientras que los nucléolos se tiñen fuertemente con pirronina. La cromatina corresponde a los cromosomas interfásicos, uno de cuyos constituyentes es el ADN. A nivel de los nucléolos (sin membrana) se reúnen numerosas moléculas de ARN. Se trata de moléculas de ARNr que se sintetizan y ensamblan en subunidades ribosómicas a nivel de los nucléolos.

El citoplasma también se tiñe con pirronina. Las playas rosas corresponden a zonas ricas en ARNr, siendo la participación de otros ARN (ARNt y ARNm) en la tinción prácticamente anecdótica.