Synaptophysin é uma glicoproteína sináptica de vesícula utilizada na transmissão sináptica de neurónios. A sinaptofisina é uma glicoproteína de ligação ao cálcio e membrana integral presente em vesículas pré-sinápticas em quase todos os neurónios. A sinaptofisina tem quatro domínios transmembrana e forma um complexo com dinamina em altas concentrações de cálcio sugerindo um envolvimento na endocitose da vesícula sináptica. Está também envolvida na regulação da plasticidade sináptica de curto e longo prazo. A sinaptofisina é actualmente o marcador mais utilizado para terminais nervosos e para diferenciar os tumores neuroendócrinos. As mutações no gene podem resultar em retardamento mental, ligado ao X 96. Anti-Synaptophysin mancha a mucosa gastrointestinal e as células neuroendócrinas pulmonares da medula adrenal humana, corpo carotídeo, pâncreas, pituitária, pele, e tiróide. A sinaptofisina também mancha as neoplasias neuroendócrinas. A utilização de Anti-Synaptophysin produz uma coloração difusa, finamente granulosa e citoplasmática. A presença de sinaptofisina não se correlaciona com enolase neuronal específica ou outros marcadores neuroendócrinos.